へき地や地域の中核病院の医師不足は深刻で、地域の医療崩壊が、現在、社会的な問題となっていますが、その一因として従来の専門医療偏重の医師養成システムがあげられます。地域では必ずしも高度な専門医療のみを必要としているのではなく、専門医療への橋渡し的な役割を担う総合医、家庭医といった存在が必要です。
そこで研究所では、地域の多様なニーズに対応できる医師の養成（臨床研修センター）に取り組むとともに、生涯教育プログラムの提供（各種講習会、研修会の開催、「月刊地域医学」の発行）に力を入れています。
研究所のみならず、地域医療振興協会全体の最重要課題であるへき地医療の支援については、へき地医療支援センター、地域医療情報センターが中心となって、へき地医療に従事する会員およびすべての医療関係者に対するサポートを行っています。
またヘルスプロモーション研究センター、地域看護研究センターでは、医療サービスだけでなく福祉・保健が一体となったサービスシステムの構築や住民啓発活動にも取り組み、そのノウハウをインターネットなどで公開することで、地域の健康づくりに貢献しています。