地域医療研究所は、公益社団法人地域医療振興協会の活動を支える学術部門として、平成15年に開設されました。へき地医療の確保とその質の向上を主たる目的に、へき地を中心とした地域保健医療の調査研究を行っています。
現在のへき地を取り巻く医療環境は、まだまだ改善しているとは言えない状況にあります。へき地の医師不足がその中心的課題でもありますが、その一因として、専門医療偏重の医師養成システムが挙げられます。地域では必ずしも高度な専門医療ばかりを必要としているのではありません。専門医療への橋渡し的な役割をする総合医、家庭医といった存在が注目されています。研究所では、そういった地域ニーズに応えられる医師の養成や生涯教育プログラムの提供（各種講習会、研修会の開催、月刊地域医学の発行等）を行っています。
今日の多様な地域ニーズに対応するためには、単に医療サービスの提供だけでなく、福祉や保健サービスと一体となった包括ケアの視点も重要視されており、「ヘルスプロモーション研究センター」や「地域看護研究センター」は、地域社会と一体となってケアの質の向上に寄与しています。
へき地医療の支援は、協会全体の最優先課題でもあり、「へき地医療支援センター」では、全国のへき地医療情報を把握し、地域医療を担っている会員および医療確保に困窮する地域の支援を行っています。